La contaminación orgánica puntual es uno de los problemas pendientes del canal, sobre todo en aquellas épocas del año en que el río lleva menos caudal. Los riesgos de contraer alguna enfermedad contagiosa reaparecen cada verano, y algunos días de invierno el olor a alcantarilla es insoportable. Teniendo en cuenta que a menos de cuatro kilómetros aguas arriba existe un área de baños declarada, y que la calidad del agua en ella es en general buena, solventar este problema puntual parece asequible. De hecho, verano a verano se ven cada vez más bañistas dentro del casco urbano de Cuenca. El principal problema se da cuando se obstruye, por falta de mantenimiento, el colector de aguas residuales de la margen derecha del río, y pasa a desaguar directamente al río.
También el comportamiento incívico de quiénes se dedican a tirar bancos, carritos, bicicletas o ruedas al río contribuye a degradar este entorno único. La zona se utiliza para realizar botellones y comidas al aire libre, en más ocasiones de lo deseable la gente "olvida" llevarse su basura a casa.
Por último, lamentar algunos problemas de vandalismo con las puertas, y de confrontaciones con algún pescador aislado. Mientras que los primeros persisten, éstos últimos afortunadamente se van haciendo menores conforme pasan los años y la gente de la ciudad se va acostumbrando al piragüismo, y comprendiendo que el río es de todos.
